1. Теория эмбрионального происхождения. Эндометриозные гетеротопии возникают из остатков парамезонефральных (мюллеровых протоков) или зародышевого материала, из которого образуются половые органы.

2. Имплантационная теория. Жизнеспособные элементы эндометрия заносятся в другие ткани половых органов, образуют эндометриоидную гетеротонию.

3. Метопластическая теория. Мезателий брюшины подвергается метаплазии. Полагают, что источником эндометриоза являются элементы эмбрионального целомического эпителия, который располагается между зрелыми клетками мезотелия.

4. Аутоиммунная теория. Выявлена патологическая активность поликлональных В-клеток. Повышение уровня иммуноглобулинов.